Из-за неспособности своей матери – любовницы гениального ученого Сета Брандла, избавиться от ребенка, зачатого от мутированного возлюбленного, на свет появился Мартин, унаследовавший гены насекомого.
Внешне молодой человек не выделяется никакими особыми признаками (по крайней мере, в начале фильма), однако уже в пятилетнем возрасте выглядит двадцатилетним, развиваясь невероятно стремительными темпами. Поскольку отцом Мартина был гибрид человека и мухи, он родился в огромном коконе, хотя на первый взгляд мало чем отличался от обычного младенца. Смерть матери во время родов стала причиной того, что главного героя фильма «Муха 2» воспитывают в специальном центре, наблюдая за каждым его шагом. Поразительно быстрые темпы физического роста связаны с наличием хромосом насекомых, при этом не менее быстро развивается интеллект уникального ребенка.
Характер главного героя можно назвать противоречивым, поскольку он вполне способен на искреннюю любовь к Бет Логан, однако вместе с тем готов идти на убийство невинного человека для восстановления своего генного кода. Пытливость ума и умение замечать детали приводит к тому, что Мартин начинает понимать причины своей «особенности» и планирует побег от ученых, стремясь избавиться от слежки и начать счастливую жизнь в любимой девушкой.
По мере взросления сын Сета Брандла начинает меняться, однако его самоконтроль и стратегическое мышление позволяет ему найти выход из сложившегося положения. Ему не характерна бессмысленная жестокость, однако для достижения поставленной цели он готов бороться любыми методами. Например, в процессе преследования он не убивает собак, однако, когда попадает в лабораторию, то без колебаний хладнокровно убивает сотрудником службы безопасности.
Унаследованные способности Мартина, в частности, огромная сила и выносливость, а также возможность вырабатывать едкую кислоту, позволяет герою убивать людей и отрываться от погони. Кстати, даже после превращения в монстра с клешнями и тремя парами конечностей, младший Брандл сохраняет трезвость ума и контролирует собственные поступки.
В конце концов Мартин начинает обрастать паутиной и превращаться в кокон. Бет в отчаянии вызывает сотрудников лаборатории. Мартина привозят в лабораторию в виде огромного кокона, покрытого толстым панцирем.
Через некоторое время Мартин вылезает из кокона. Теперь внешне он — огромный монстр на шести лапах с клешнями, однако человеческого разума он не потерял. Он убивает доктора Джейнувей, которая следила за коконом. Однако, когда его начинают искать с собакой, Мартин своей клешней гладит напуганную собаку по голове.
Цель Мартина — забраться в лабораторию, где стоят коконы для телепортации и произвести операцию по замене хромосом. Тогда он снова станет человеком. Но для этого нужен донор с чистыми хромосомами. Мартину всё-таки удаётся проникнуть в лабораторию, при этом он убивает ещё двух сотрудников — одного он душит, а другому выплёскивает на лицо свою едкую желудочную кислоту.
Проникнув в лабораторию, он убивает двух охранников — одного он раздавливает опускающейся кабиной лифта, а второму, начальнику охраны Скорби, ломает хребет. Начальник лаборатории Барток хочет убить существо из пистолета, однако Мартину удается схватить его в свои объятия. Нажимая рукой Бартока на клавиатуру компьютера, он запускает программу и затаскивает Бартока в кокон для телепортации. Бет Логан нажимает клавишу «Enter», и происходит телепортация.
В этот момент в лабораторию врываются сотрудники, вызванные Бартоком. Но поздно. Их начальник выползает из кокона в виде бесформенной шевелящейся массы. А за ним из кокона вылезает Мартин, ещё опутанный паутиной и слизью, но живой и невредимый Мартин — такой, каким его полюбила Бет Логан.
