Папа с двумя дочками переехал из города в деревушку, где девочки начинают познавать для себя совершенно другой мир – домик в деревне и окружающую его природу. Дом такой старый, что вот-вот разрушится. В нем проживают духи - чёрные чернушки, сусуватари. Мать девочек находится в больнице и во время ее болезни вся домашняя работа ложится на плечи отца девочек, а также на старшую дочку по имени Сацуки.
В скором времени, младшая сестра-непоседа (Мэй) встречается с крошечным лесным духом, который, сам того не хотя, приводит ее к другому духу, а вскоре и к гигантскому Тоторо, хранителю леса, живущему под огромным деревом.
После этого и Сацуки знакомится с Тоторо, когда девчушки ждут отца на автобусной остановке. Тоторо дарит сестрам небольшой сверток бамбуковых листьев. В нем находятся семена, которые они в дальнейшем посадили в огороде, а Тоторо помог им прорасти.
На следующий день из больницы сообщили, что мать девочек не сможет приехать домой на выходные. Мэй в расстроенных чувствах ссорится со старшей сестрой и едет к маме, но теряет дорогу. Взволнованная Сацуки и жители деревни начинают ее поиски. По просьбе Сацуки Тоторо помогает им разыскать девочку. Его помошник,
Котобус относит сестер в больницу Ситикоку, девочки убеждаются, что с их мамой все хорошо.
Тоторо живет под большим деревом в подземной пещерке. Дорога к нему лежит через дупло.
По сюжету, Тоторо - добрый дух, помогающий детям, но в некоторые моменты он кажется жутким. Страшно думать, что будет если его разгневать. Это воплощение сил природы, перед которой люди всего лишь букашки. Его сверхъестественные возможности и власть над ночным темным лесом показывают его мощь.
Таинственный волшебный мир, в который попадают девочки и сталкиваются с Тоторо – место, откуда простые люди могут и не вернуться. Миядзаки говорил, что, если бы девочки остались в мире лесного духа, то не смогли бы больше вернуться домой.
Тоторо – не является традиционным японским персонажем. Его придумал Миядзаки. Он не может говорить, издает только лишь грудные рычащие звуки. Небольшие духи также именуются Тоторо. Большой Тоторо серого цвета – О Тоторо, средний Тоторо синего цвета – Тю Тоторо, крошечный Тоторо белого цвета – Тиби Тоторо.
Когда Миядзаки изображает Тоторо, то он наделяет его большой пастью с зубами и когтями. То есть, природа может быть милой и ласковой, однако для японца всегда есть напоминание, что она может быть и жестокой. Имя "Тоторо" происходит от слова "totoru", что означает "тролль".