Основная сюжетная линия аниме сериала «Манускрипт ниндзя» связана с борьбой главного героя – ронина Дзюбея с представителями клана Кимона, стремящихся завоевать безграничную власть в Японии.
Предводитель демонов Гемма Химуро, который является главным злодеем, в прошлом был лордом Дзюбея и после перерождения перешел на Темную сторону. Главной особенностью Геммы стоит назвать впечатляющие регенеративные способности, позволяющие ему восстанавливать отрезанные или покалеченные части тела.
Соратница и любовница Лорда демонов – Бенисато является сосудом для ядовитых змей, может гипнотизировать жертву и при необходимости сбрасывать кожу.
Весьма неоднозначными стоит назвать отношения между Геммой и Юримару, - иногда кажется, что преданность второго помощника, управляющего электрическим током, вызвана безответной влюбленностью и ревностью.
Частью запутанного любовного многоугольника является также Дзакуро, испытывающая любовь к Юримару, - правда, зачастую её слова содержат лишь насмешку. Основное оружие коварной демоницы – взрывоопасное вещество, которое уничтожает жертв, попавших в её сети.
Гигантского демон Тэссай способен трансформироваться в каменную неуязвимую глыбу, что делало его неуязвимым. Сражался мечом-бумерангом. В одиночку уничтожил целый отряд ниндзя.
Мусидзо - его тело своего рода улей с дикими осами, которые повинуются любому приказу своего хозяина. Также он вооружен трезубцем и во рту у него есть длинные острые иглы, которые он может выплевывать, поражая противников на расстоянии.
Мудзюро Уцуцу — слепой воин. Ориентируется по малейшему шороху. Вооружен мечом, испускающим яркий свет, который слепит врагов.
Сидзима — способен прятаться в любой тени. Вооружен железной перчаткой-гарпуном, которой стреляет на недалекое расстояние. Способен управлять и манипулировать своими жертвами.