В качестве прототипа главного героя аниме "Манускрипт ниндзя" Дзюбэя Кибагами был выбран настоящий исторический персонаж, - Яго Дзюбэй, героические поступки которого стали основой для многочисленных народных сказаний и легенд.
Основная сюжетная линия аниме сериала «Манускрипт ниндзя» связана с борьбой главного героя – ронина Дзюбея с представителями клана Кимона, стремящихся завоевать безграничную власть в Японии.